ส่วนที่หนึ่ง การวิเคราะห์ลาเหตุของปัญหาและตัวชี้วัดความสำเร็จในการแก้ปัญหา --
งานศึกษาในอดีตและลักษณะเด่นของรายงานฉบับนี้ --
เป้าหมายของรายงานการศึกษาฉบับนี้ --
รากเหง้าปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ --
วิธีมองปัญหาความสัมพันธ์ระหว่างปัญหารากเหง้ากับปัญหาโครงสร้างและความรุนแรง --
การยุบศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้และการแก้ปัญหาในบริบทที่เปลี่ยนแปลงไป --
แนวทางการแก้ปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้พร้อมตัวชี้วัดความสำเร็จของการปฏิบัติ --
ตัวชี้วัดความสำเร็จการปฏิบัติของหน่วยงาน --
ส่วนที่สอง สภาพบัญหาและแนวทางการแก้ปัญหา --
สภาพปัญหาทั่วไปของจังหวัดชายแดนภาคใต้ที่ส่งผลกระทบต่อความมั่นคงของชาติ --
ปัญหาสำคัญที่คณะกรรมาธิการพิจารณาศึกษา --
สภาพปัญหาและข้อเสนอแนะการแก้ปัญหา --
ปัญหาด้านการศึกษา ก. ศูนย์อบรมศาสนาอิสลามและจริยธรรมประจำมัสยิด (ตาดีกา) --
ปัญหาการศึกษาขั้นพื้นฐาน --
ปัญหาการศึกษาของโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม --
ปัญหาการศึกษาระดับอุดมศึกษา --
การยกฐานะมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์วิทยาเขตปัตตานีให้เป็นมหาวิทยาลัยเอกเทศ --

การตั้งมหาวิทยาลัยนราธิวาส --
ปัญหาด้านยาเสพติด --
ปัญหาการก่อความไม่สงบเรียบร้อยและอาชญากรรม --
ปัญหาด้านเศรษฐกิจ --
ปัญหาด้านกลไกของรัฐด้านการเมืองการปกครอง --
ปัญหาด้านการต่างประเทศ --
ส่วนที่สาม ข้อเสนอการแก้ปัญหาอย่างยั่งยืนและหลักปฏิบัติของรัฐและเจ้าหน้าที่ของรัฐ --
ข้อเสนอการแก้ไขปัญหาความขัดแย้งในสังคมไทยอย่างยั่งยืน --
มูลเหตุเชิงลึกของปัญหาความขัดแย้งในสังคมไทย --
ข้อเสนอแนะในภาคปฏิบัติต่อรัฐบาลเพื่อแก้ไขปัญหาอย่างยั่งยืน --
ข้อเสนอการปฏิบัติของเจ้าหน้าที่ของรัฐต่อชาวไทยมุสลิม --
ข้อเสนอแนะเกี่ยวกับแนวทางการปฏิบัติที่เกี่ยวข้องกับระเบียบราชการ หรือพิธีการ --
ข้อควรปฏิบัติในการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ --
หลักรัฐประศาสโนบายสำหรับปฏิบัติราชการในมณฑลปัตตานี สมัยรัชกาลที่ ๖ --
กิจการฮัจย์.